Het jaar is 2033. De verwoestende atoomoorlog, die de wereld in een radioactieve woestenij heeft veranderd, dwong de inwoners van Moskou er toe om hun toevlucht te zoeken in de metro. In de loop van de jaren hebben de metrostations zich ontwikkeld tot ware staten, die zich bezighouden met handel en zelfs met oorlog. Na een lange en vermoeiende reis bereikt Artjom eindelijk Polis, het centrum van de verdediging van de metro. Hij vervult plichtsgetrouw zijn missie en rapporteert aan commandant Melnik over de dreiging van de zwarte mutanten - om daar te horen dat zijn eigen thuisstation al het slachtoffer van de wezens is geworden. Toch weigert de legerleiding hulp te sturen, ze zijn te bang om zelf aangevallen te worden. Slechts één lid van de raad luistert naar het verzoek van Artjom, maar hij biedt zijn hulp niet gratis aan. En terwijl Artjom zich moet voorbereiden op een nieuwe, nog gevaarlijkere expeditie naar de door straling besmette straten van Moskou, kan hij het gevoel niet van zich afzetten dat er op de achtergrond heel andere krachten aan het werk zijn...